遵义医科大学第二附属医院消化内科是脱胎于一附院消化内科而建立的，遵义医学院第一附属医院消化内科始建于上世纪60年代，当时为内科消化专业组，于1997年正式成立消化科。消化科成立后在科室建设、临床、教学、科研方面都得到了很大发展。2008年成为卫生部消化内镜诊疗技术培训基地，2010年成为贵州省临床重点学科，2011年成为贵州省消化内科和消化内镜质控中心，2012年成为贵州省消化疾病研究所。

遵义医科大学第二附属医院消化内科从二附院建立时即为独立的临床医疗、科研科室。由病房、门诊、内镜诊疗室等部分组成，病房编制床位45张，有医生14人，其中硕士研究生10人、博士研究生1人。内镜诊疗室在我院门诊三楼内镜中心，拥有国际先进的奥林巴斯和富士电子胃镜、结肠镜、十二指肠镜、超声内镜、双气囊小肠镜、C型臂X光机、海博刀治疗系统、胶囊内镜系统等先进的内镜诊疗设备。除了一般胃肠镜检查和内镜下息肉治疗外，还能开展消化道早期癌的精查、ESD手术、EUS和EUS穿刺术、磁控胶囊内镜检查、各种消化道支架置入等等目前最先进的消化内镜诊疗技术。